बॉनसाय ट्रेमध्ये भरण्यासाठी चांगल्या प्रतीची माती, वाळू आणि चांगले कुजलेले सेंद्रिय खत किंवा गांडूळखत १:१:२ या प्रमाणात एकत्र करतात. बॉनसाय ट्रेच्या तळाशी जादा पाणी वाहून जाण्यासाठी चार-पाच छिद्रे असतात.