कोकण रेल्वेवर एकूण ९२ बोगदे आहेत. त्यांची एकूण लांबी ८३.६ किलोमीटर आहे. यातील नऊ बोगदे दोन किलोमीटरपेक्षा जास्त लांबीचे आहेत. त्यासाठी खोदकाम करताना सर्व प्रकारचे दगड आणि माती आढळून आली. या बोगद्यातील सर्वात मोठा बोगदा रत्नागिरीजवळील करबुडे गावापाशी आहे. त्याची लांबी ६.५ किलोमीटर आहे.

अशा बोगद्यातून गाडी गेल्यावर इंजिनातून बाहेर पडणाऱ्या धुरामुळे प्रदूषण होते. त्यामुळे बोगद्यात हवा खेळती ठेवणे हे गरजेचे असते. त्यासाठी या सगळ्या बोगद्यात छतावर मोठमोठे पंखे बसविले आहेत. तसेच बोगद्यामधील हवेमध्ये कार्बन-मोनॉक्साईड व सल्फर आदीचे प्रमाण मोजणारी उपकरणे बसविली आहेत. धुराचे मोजमापनही केले जाते. ही मोजणी २४ तास चालू असते. जर काही कारणाने गाडी बोगद्यात उभी राहिली तर बोगद्याच्या छतावरील पंखे लगेच चालू केले जातात.

अशी ही यंत्रणा नातुवाडी बोगद्यासाठी प्रथम इंग्लंडहून आणली गेली. पण नंतर मात्र रेल्वेच्या कुशल अभियंत्यांनी अशी यंत्रणा भारतातच तयार केली आणि ती आज गेली अनेक वर्षे अजूनही व्यवस्थित चालू आहे.

काही लांब बोगद्यांमध्ये रूळ आणि त्याखालील यंत्रणेची देखभाल सुलभ व्हावी म्हणून खडीविरहित ट्रॅक-प्रणाली वापरण्यात आली. आहे. त्यामुळे लांब लांब बोगद्यातील देखभाल सुलभ झाली आहे. त्याशिवाय इतर बोगद्यात गँगमन जाऊन इतर लाइनसारखीच त्यांची देखभाल करतात.

झिरपणारे पाणी आणि गाड्यांच्या धडधडीमुळे बोगद्याच्या आतील खडकांची झीज होऊन तडे जातात. असे भाग तोडून काढावे लागतात. हे कार्य कोळप रेल्वे स्टेशनमध्ये असलेल्या रेल मोटर व्हेईकल या स्वयंचलित यंत्रणेने होते.

२००४ सालापासून प्रत्येक बोगद्यात २४ तासासाठी गँगमन ठेवण्यात आले आहेत. हे लोक रेल्वे लाइनीतील धोके अथवा अन्य गोष्टी पाहून इशारे देतात. जवळच्या फोनने ते कंट्रोल रूमला फोन करून सतर्क करू शकतात. शिवाय इतरही अनेक खबरदारीचे उपाय योजलेले आहेत. सर्व बोगद्यात दिवे लावले आहेत. त्यामुळे कोकण रेल्वेची सुरक्षा वाढलेली आहे.